जापान की राजधानी टोक्यो है, जो देश का सबसे बड़ा शहर भी है और जहाँ जापानी सम्राट का निवास, राष्ट्रीय सरकार, डाइट (जापान की संसद) तथा प्रधानमंत्री का आधिकारिक आवास स्थित है। यह होन्शू द्वीप के पूर्वी तट पर बसा है और अपने आसपास के प्रान्तों के साथ मिलकर 'ग्रेटर टोक्यो क्षेत्र' बनाता है, जो विश्व का सबसे अधिक जनसंख्या वाला महानगरीय क्षेत्र है। टोक्यो 1868 में मेइजी पुनर्स्थापन के दौरान वास्तविक राजधानी बना, जब शाही सत्ता का केंद्र क्योटो से स्थानांतरित हुआ और शहर का नाम 'एदो' से बदलकर 'टोक्यो' यानी 'पूर्वी राजधानी' रखा गया। इस ऐतिहासिक परिवर्तन को याद रखना महत्वपूर्ण है क्योंकि यही कारण है कि क्योटो, जो एक हज़ार वर्षों से अधिक समय तक शाही राजधानी रहा, आज सही उत्तर नहीं है। ओसाका गलत विकल्प है क्योंकि यद्यपि यह जापान की दूसरी सबसे बड़ी आर्थिक महानगरीय अर्थव्यवस्था और व्यापार का ऐतिहासिक केंद्र है, यह कभी भी राष्ट्रीय राजधानी नहीं रहा। क्योटो एक भ्रामक विकल्प इसलिए है क्योंकि यह 794 से 1868 तक जापान की शाही राजधानी था और आज भी अपने मंदिरों, तीर्थस्थलों तथा पारंपरिक संस्कृति के लिए विश्वप्रसिद्ध है, परन्तु मेइजी पुनर्स्थापन के बाद इसने प्रशासनिक राजधानी का दर्जा खो दिया। योकोहामा, जो जनसंख्या की दृष्टि से जापान का दूसरा सबसे बड़ा शहर है और टोक्यो के ठीक दक्षिण में उसी महानगरीय क्षेत्र में स्थित है, हमेशा से एक प्रमुख बंदरगाह शहर रहा है, सरकार की सीट नहीं। एक आम परीक्षा-भ्रम यह है कि छात्र मान लेते हैं कि सबसे बड़ा या ऐतिहासिक दृष्टि से सबसे महत्वपूर्ण शहर ही राजधानी होगा, जो यहाँ गलत सिद्ध होता है क्योंकि क्योटो की लंबी शाही विरासत इसे अक्सर गलत उत्तर बना देती है।
